Подать налоговые декларации в обеих странах, как минимум в каждой заплатить налог с той суммы, которую получил на счет в этой стране. В некоторых случаях еще и что-то доплатить в другой стране.
Между Россией, Германией и многими другими странами есть договоры об избежании двойного налогообложения, но речь только про НДФЛ, а не другие налоги или взносы. Обратите особенное внимание, что самозанятые и ИП на УСН платят не НДФЛ, а другие налоги! Поэтому эти доходы могут быть обложены повторным налогом в другой стране. Для наемных сотрудников, которые платят НДФЛ, в общем случае повторно платить налог в другой стране не надо, но лучше обратиться к налоговому консультанту, потому что очень много нюансов. Если наемный сотрудник (физлицо) уезжает из России до июля, тогда по итогам календарного года становится налоговым нерезидентом России, придется с российского дохода платить НДФЛ не 13%, а 30% (надо будет самостоятельно доплатить 17%).
Я в России был ИП на УСН "Доходы", платил фиксированную сумму около 30 тыс. руб/год + 6-7% со всего дохода. Переехал в первой половине года, стал нерезидентом России. В Германии работаю наемным сотрудником, плачу НДФЛ. По итогам года подал налоговые декларации и в России, и в Германии:
Update: с 2023 года Россия отменила соглашение об отмене двойного налогообложения. Сейчас налоги надо платить платить в каждой стране и, возможно, дважды.